Hola, igual es un poco tontería preguntártelo, pero le estas haciendo el LOOP a las posiciones?
Algo así, aunque sería bueno ver mas de tu código para entender el problema.
LOOP AT it_ekpo.
CLEAR t_poitem.
* perform move_to_bapi.
t_POITEM-po_item = it_ekpo-ebelp.
t_POITEM-order_reason = '100'.
APPEND t_poitem.
CLEAR t_poitemx.
t_POITEMx-po_item = it_ekpo-ebelp.
t_POITEMx-po_itemx = 'X'.
t_POITEMx-order_reason = '100'.
APPEND t_poitemx.
ENDLOOP.
CALL FUNCTION 'BAPI_PO_CHANGE'
EXPORTING
purchaseorder = it_ekpo-ebeln
TABLES
POITEM = t_POITEM
POITEMx = t_POITEMx.
Salu2.